Il n'existe aucune voie navigable intérieure, donc pas de rivières navigables à Djibouti. Cependant, de Djibouti à Tadjourah et Obock, de petites pinasses utilisent le golfe de Tadjourah pour les opérations commerciales et humanitaire. L'utilisation de cette portion de mer rouge impacte par conséquent sur le coût du transport.