Colombia tiene cuatro ciudades principales donde se encuentran los principales puertos; Barranquilla, Buenaventura, Cartagena y Santa Marta; los primeros tres de ellos se encuentran en la costa atlántica y el último en el Pacífico. La costa atlántica conecta al país con: América Central, América del Norte y Europa, mientras que la costa del Pacífico es el punto de interconexión con América del Sur, la costa oeste de América del Norte y Asia. 

El ingreso a los canales a Barranquilla y Buenaventura estàn sujetos a la presencia de sedimentos debido a ello se pueden verificar restricciones a las aves según su calado.

Adicionalmente a los principales puertos, existen en ambas costas colombianas un gran nùmero de muelles y otros puertos menores, la mayorìa dedicados a servicio de cabotaje y comercio local, por ejemplo: Puerto Zùniga, Puerto Prodeco, Pozos Colorados, Puerto Bolìvar, Ciènaga, Turbo, Pindo, Tumaco, Isla San Andrès y Tolu.